PROGRAMA DE DISCIPLINA

CÓDIGO:	CIB081	
DISCIPLINA:	T. E. em GBM II – Introdução a Análises de dados NGS	
PRÉ-REQUISITOS:		
CARGA HORÁRIA	TEÓRICA:	45	PRÁTICA:	0	TOTAL:	45	
CRÉDITO:	TEÓRICA:	3	PRÁTICA:	0	TOTAL:	3	
PROFESSOR (A):	Thiago Mafra Batista	
		
EMENTA:	Sequenciamento de nova geração (NGS); bibliotecas genômicas; montagem de genomas; anotação de genomas; banco de dados biológicos (NR, NT, Trembl, Swissprot, Kegg, Pfam); montagem de transcriptomas; análise de expressão gênica (RNA-Seq); metagenômica; tipos de metagenômica: código de barras (barcode) e shotgun; bioprospecção; metabólitos secundários; genes e vias de interesse.	
OBJETIVOS:	Apresentar aos estudantes de pós-graduação as técnicas “estado da arte” para estudos ômicos, começando com as principais técnicas para sequenciamento em larga escala, tanto de segunda, quando de terceira geração. Apresentar os métodos de construção das bibliotecas de DNA, RNA, metagenomas e amplicons. Apresentar os métodos para montagem de genomas, seguido de sua anotação estrutural e funcional. Apresentar os principais bancos de dados biológicos, suas semelhanças, diferenças, como e quando utilizar cada um deles. Técnicas para estudo da biodiversidade microbiana, o que é metagenômica e como aplicá-la. Além de aulas práticas visando a bioprospecção de genes de interesse.	
METODOLOGIA:	Serão utilizadas aulas expositivas, pesquisas bibliográficas e aulas práticas em ambiente computacional GNU/Linux com acesso remoto ao servidor do NBCGIB.	
AVALIAÇÃO:	Qualitativa: participação do aluno nas atividades da disciplina e envolvimento do aluno com os conteúdos estudados na busca do alcance dos objetivos propostos;	
CONTEÚDO PROGRAMÁTICO:
	NGS – Métodos de sequenciamento de nova geração (2ª e 3ª geração). Bibliotecas de sequenciamento de genomas, transcriptomas e metagenomas.

MÉTODOS PARA ESTUDOS DE GENOMAS – Montagem de genomas (ab initio e com referência). Cobertura e profundidade de sequenciamento. Avaliação de montagens; completude. Anotação estrutural e funcional de genomas.

BANCOS DE DADOS BIOLÓGICOS – O NCBI, banco de dados de nucleotídeos, proteínas, funções, ortólogos (Genbank, NR, NT, Uniprot, Kegg, Interpro)
 
MÉTODOS PARA ESTUDOS DE TRANSCRIPTOMAS – Montagem de transcriptomas. Cobertura e profundidade de sequenciamento. Análise de expressão gênica.

METAGENÔMICA – Metagenômica taxonômica, barcode (código de barras, genes 16S, 18S, COI) e metagenômica funcional (shotgun).
	
REFERÊNCIA BIBLIOGRÁFICA:	MIR, L. et al. (2004) Genômica. 1ª ed. São Paulo: Ed Atheneu, 1114 p.

* Periódicos especializados: BMC Genomics, Nature, Proteomics, PNAS e outros.